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Le Cormoran à aigrettes se retrouve autant en eau salée que saumâtre ou douce, et niche principalement dans les régions côtières mais aussi en périphérie des lacs à l’intérieur des terres. À leur retour de l’aire d’hivernage située sur la côte est américaine jusqu’au golfe du Mexique, les Cormorans à aigrettes deviennent omniprésents dans tout le système du Saint-Laurent, et affectionnent particulièrement les îles comme site de reproduction.