Yugi Mutô est un garçon dont le point faible est d'être trop gentil, il se faisait continuellement embêter par les autres. Un jour il reçoit de son grand père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle millénaire. Cet objet antique n'a encore jamais réussi à être assemblé par quiconque, mais le jeune Yugi réussit finalement à l'assembler.

À cet instant est libéré l'esprit d'une autre personne, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, un étre sûr de lui et ne reculant jamais devant rien. Cette autre personnalité habite le corps du jeune garçon, c'est en fait un ancien pharaon d'Égypte qui vivait depuis dans le puzzle. Avec Yugi, ils seront inséparables. Peu de personnes se rendent compte qu'ils ont affaire à deux Yugi. Il est spécialiste de tous les types de jeu. Il est d'ailleurs le maître du jeu des ténèbres. Mais pour une raison inconnue, l'autre Yugi ne se souvient pas de son passé, il ne sait pas qui il est...