Shaolan, fils d'un archéologue, fait des fouilles dans le désertique pays de Clow, où il découvre des vestiges mystérieux. Mais lorsque son amie d'enfance dont il est amoureux, Sakura, princesse du royaume, s'en approche, elle semble aspirée par une puissante force magique. Shaolan la retient, mais les souvenirs de Sakura s'envolent, dispersés à travers les Mondes.

Yukito, grand prêtre du royaume, transporte alors Shaolan et Sakura dans un autre monde où vit Yūko, une sorcière capable d'exaucer n'importe quel vœu. Prêt à tout pour sauver Sakura, dont le corps sans souvenirs ne survivra pas longtemps, Shaolan accepte la condition de Yūko : il pourra récupérer tous les souvenirs de son amie, sauf ceux en rapport avec lui.

Aidé par Kurogane, ninja envoyé par la princesse Tomoyo afin de canaliser ses pulsions meurtrières, Fye, qui fuit son Monde d'origine, et Mokona, une bestiole (proche du marshmallow) qui leur permet de contacter Yūko en cas de problème ou encore de se déplacer entre les Mondes, Shaolan va se mettre en quête des souvenirs de Sakura.

Mais ceux-ci, transformés en sorte de plumes, renferment une puissante force qui attire de nombreuses convoitises…