Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquilement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commençe à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

Mais ces dispositifs ne semblent pas être en mesure d'arrêter la créature et les adultes n'ont d'autre choix que de réveiller un robot gigantesque, Fafner qui sera piloté par un jeune garçon de l'île, Makabe Kazuki. Au delà des doutes sur sa capacité à piloter ce robot, pourra-t-il protéger l'île du mystérieux envahisseur...