Utena la fillette révolutionnaire est l'histoire d'une jeune fille de 14 ans, Utena, qui a rencontré un prince monté sur un cheval blanc alors qu'elle était très jeune et venait de perdre ses parents. Il lui a offert une bague en souvenir de leur rencontre et elle rêve de le retrouver un jour. Mais surtout, Utena a été si impressionné par le prince qu'elle souhaite devenir un prince elle-même, bien qu'elle soit une fille.

Élève à l'établissement scolaire Ohtori, elle s'y retrouve mêlée à une étrange compétition entre les membres du conseil des élèves, qui se livrent des duels à l'épée pour obtenir le pouvoir de révolutionner le monde.