Après un incident sur le vaisseau de colonisation Mesopotamia, orbitant autour de la lointaine planète Terra II, six explorateurs se retrouvent à la surface, démunis. De plus ce sont tous des hommes.
Malgré leur technologie, ils ne peuvent minipuler suffisamment leur génome pour donner naissance à des femmes. Utilisant leur science, ils décident alors de se cloner pour coloniser la planète.
Trois cent ans plus tard, six villes se sont développées, toutes peuplées de clones de ces hommes. Clones diversifiés, mais tous mâles.
Pour compenser l'absence de femmes, des robots, appelés marionettes (en anglais/ marionnettes en français), ont été mis au point. De forme féminine, ils sont totalement dépourvus d'émotions et de sentiments.
L'histoire de Saber Marionette J commence lorsque Otaru, jeune habitant de la ville de Japoness, active par accident une marionnette qui commence par lui sauter au cou en lui disant qu'elle l'aime...