À force de puiser les ressources souterraines et de polluer la vie, la civilisation industrielle, vieille de mille ans, voit sa chute lors des « sept jours de feu ». Cette guerre fut d'une rare violence et les dégâts infligés terrible. Le savoir et la vie furent presque anéantie.

Mille ans de cette ère crépusculaire ont passé et l’humanité survit tant bien que mal et atteint l'âge de la céramique. Au milieu d'un vaste désert recouvert la « mer de la décomposition » (Fukai) est une gigantesque forêt produisant des vapeurs toxiques pour les humains, qui gagne progressivement du terrain. Quelques ilots de vie accueillent différentes communautés humaines. Le fukai est protégé par des insectes géants, qui se sont adaptés. Les ômus (Littéralement insectes-rois) en sont les principaux représentants, par leur taille et leur "sensibilité".

La Vallée du Vent est une zone protégée des spores par les vents marins, habitée par quelques centaines d’habitants. Elle se retrouve impliquée, du fait d'une ancienne alliance, dans une crise entre les royaumes de Pejite et Tolmèque qui se disputent une des armes utilisées durant les sept jours de feu. Dans le manga, il s'ensuit une autre crise qui, elle, oppose les empires dork et tolmèque.

La fille du roi Jill de la Vallée du Vent, se retrouve au centre de ces conflits. Guidée par son amour de tous les êtres vivants, Nausicaä va progressivement devenir une figure majeure de ce conflit. Elle tentera par tous les moyens d’interrompre la guerre.