Le personnage principal est un détective souffrant d'une schizophrénie aigüe - d'où le titre, MPD pour "Multiple Personnality Disorder", mais aussi "Metropolitan Police Department". L'Histoire commence lorsque Yôsuke Kobayashi, jeune et brillant "profiler" de la police est envoyé sur les lieux du meurtre de la victime d'un serial-killer. Le meurtrier, reconnait alors Yôsuke, comme quelqu'un de la même trempe que lui. Ce même meurtrier lui livre alors le corp mutilé mais toujours vivant de sa petite amie. Yôsuke parvient à rattraper l'assassin. A ce moment s'opère un changement de personnalité. Yôsuke disparait, remplacé l'espace de quelques instants par Shinji Nishizono, qui tue froidement le serial-killer. Mais Shinji disparait à son tour aussi rapidement qu'il était apparut, et une troisième personnalité fait surface, Amamiya Kazuhiko. Amamiya est donc emprisonné pour le meurtre de Shimazu, le serial-killer. Il n'a pourtant aucun souvenir précédant son arrestation. Il est né après que Shinji ait tué Shimazu. En prison, Amamiya, qui n'a pas perdu les facultés de profiling de Yôsuke, aide la police à établir le profil psychologique des criminels. Libéré quelques années plus tard, Amamiya est recruté par Machi Isono, une jeune inspéctrice qui vient de quitter la police pour créer son agence privée. Ensemble, et avec l'aide de l'inspecteur général de la police, Sasayama, Amamiya et Machi résolvent les pires crimes, mais un épais mystère plane autour des criminels. Ils semblent être tous inscrits à la banque des yeux. Tout comme Yôsuke/Shinji/Amamiya...