Devenu un vagabond depuis l'instauration de l'ère Meiji, il parcourt le pays muni de son sabre à lame inversée, avec le désir de ne plus tuer. Il rencontre une jeune fille qui cherche à protéger son dōjō, Kaoru Kamiya, et finit par s'installer chez elle après l'avoir aidée. Peu à peu, ils vont rencontrer leurs futurs compagnons : Yahiko Myôjin, un garçon issu de la classe des samouraïs qui devient le disciple de Kaoru, et Sanosuke Sagara...