Le Japon, à l'époque des pays en guerre, dite Sengoku (avant 1600).
Inu-Yasha, mi-démon mi-humain, attaque le village, où la perle de Shikon se trouve et la vole. La perle de Shikon lui permettrait de devenir un démon à part entière. Pendant ce temps là, la prêtresse Kikyo est attaquée et gravement blessée par Naraku, qui s'est déguisé en Inu-Yasha. La prêtresse Kikyo croît alors que Inu-Yasha l'a trahi en lui tendant un piège. Lorsqu'elle croise le vrai Inu-Yasha dans la forêt, elle jette un sort puissant à l'aide d'une flèche et le scelle à un arbre pour l'éternité. Kikyo meurt peu après suite à ses blessures. Avant de mourir, elle exprime sa dernière volonté à sa sœur Kaede, celle d'être incinérée avec la perle de Shikon pour que plus personne ne puisse l'utilliser à des fins dangereuse.
Des siècles plus tard, Kagome, une fille du Japon actuel, tombe dans le puit du temple où elle habite et peut ainsi traverser les époques. Elle arrive dans le village même où la tentative de vol de la perle a eu lieu cinquante ans plus tôt et sa ressemblance avec Kikyo n'échappe pas à la nouvelle prêtresse, Kaede, qui n'est autre que la sœur de Kikyo. Attaquée par un monstre, Kagome libère Inu-Yasha de son sort en faisant disparaître la flèche ensorcelée qui le maintenait dans un état léthargique. Il s'avère que Kagome porte en elle la perle de Shikon. Mais elle détruit la perle malencontreusement, et les fragments s'éparpillent dans le monde. Inu-Yasha et Kagome unissent alors leurs efforts pour les retrouver.