Dans un monde où l'alchimie est élevée au rang de science, Edward Elric et son frère Alphonse, d'un an plus jeune que lui, voient très jeunes leur père partir sans laisser de trace. Ils tentent de ressusciter leur mère, récemment décédée d'une maladie, à l'aide d'une transmutation humaine (ce qui est formellement interdit). Ils échouent et en subissent les conséquences, car l'alchimie, comme toute science, obéit à des lois inéluctables...