Dans un lointain futur, le dernier berceau de l'humanité, la planète Zion, est menacée de destruction par des créatures, les Victimes, qui agissent dans un but inconnu. Pour lutter et défendre la planète et les autres colonies, les hommes et le centre GOA ont créé cinq mechas surpuissants, les Goddess, pilotés par de jeunes pilotes surdoués, sélectionnés et formés.
Zero est une nouvelle recrue qui veut un jour devenir lui aussi pilote afin de défendre les siens. D'autres veulent arriver au même but et l'apprentissage sera rude et la sélection impitoyable.