L'histoire débute dans un futur proche tandis que le niveau des océans a augmenté et submergé la plupart des terres. Avec les efforts d'un scientifique arrogant, Zorndyke, la crue a tué des milliards de personnes; les quelques villes restantes sont détruites ou attaqués par une armée d'hybrides créés par Zorndyke. Les humains restants commence une guerre contre les forces maritimes de Zorndyke pour leur propre survie. Le meilleur espoir de l'humanité pour résoudre ce conflit réside dans sa force sous-marinière, parmi lesquels le Blue Submarine n°6.

De son côté, Zorndyke souhaite terminer ce conflit à la faveur de ses enfants hybrides en provoquant un bouleversement polaire grâce à une énergie géothermale au Pôle Sud.