Okajima Rokuro, jeune employé modèle d'une très grande entreprise, est chargé de voyager sur les mers d'Asie du Sud-Est pour livrer un disque contenant des données secrètes et capitales sur la société pour laquelle il travaille. Malheureusement, son bateau ne tardera pas à se faire attaquer par une bande de pirates freelance voulant récupérer son bien et lui-même sera pris en otage sur leur bateau, le "Black Lagoon", un vieux torpilleur.

Pensant que sa compagnie va tout mettre en oeuvre pour le secourir, il ne s'inquiète pas outre mesure. Mais il ne sait pas qu'à plusieurs kilomètres, ses supérieurs sont en train d'engager des mercenaires pour le faire taire et détruire toutes les preuves de l'existence du disque...