L'histoire se déroule au Japon, dans le futur, ou un sport mondial, le Beyblade, est apparu. Dans ce sport, les participants s'affrontent dans un Stadium avec des toupies trés perfectionnées, le but étant d'éjecter la toupie adverse hors du Stadium ou de la faire s'arrêter. Chaque toupie est conçue par son propriétaire, et donc unique.
Tyson, le héros, est un jeune garçon fan de Beyblade, vivant seul avec son grand-père. Mais, un jour, il se fait battre par un autre Beyblader du nom de Kaï, qui possède dans sa toupie un spectre, sorte d'espris qui habite sa toupie et la rend plus forte.
Tyson ne tarde pas, cependant, à obtenir son propre spectre: Dragoon. Il finira par vaincre Kaï à un tournois régional. Plus tard, Tyson formera une équipe avec Kaï, devenu son ami, ainsi que Ray et Max, deux autres beyblader dotés de Spectres qu'il a rencontré, et Kenny, un ami de Tyson trés doué en informatique: les Blade breakers. Ensemble, ils participerons à de nombreux tournois, et affronteront divers adversaires.