« Ici est la sagesse. Que celui qui a de l’intelligence, compte le nombre de la bête ; car c’est un nombre d’homme, et son nombre est six cent soixante-six. » (L’apocalypse selon St Jean. Le Nouveau Testament)

Il y avait autrefois une très ancienne civilisation dont les restes, les O-Parts, offraient à certains humains des pouvoirs inimaginables, ces hommes et femmes spéciaux ayant le pouvoir de déclencher le pouvoir de ces O-Parts sont appelés O-Part Tacticien (OPT). Une légende court à propos d’un homme qui pourrait retourner la puissance de ses pouvoirs contre son utilisateur. Cet homme aurait un chiffre gravé sur le front : 666.

Un jour, une jeune fille nommée Ruby Crescent, dont le rêve est de devenir chasseuse d’O-Parts aussi renommée que son père, Zeckt Crescent, se voit sauver par un jeune garçon OPT très puissant qui se trouve être possédé par l’esprit de Satan : Jio Freed. Ce garçon a pour rêve de conquérir le monde.

Satan 666 retrace les aventures d’un jeune garçon appelé Jio Fleed dans sa quête de conquérir le monde. Jio est un enfant rejeté depuis sa plus jeune enfance. En effet, depuis son plus jeune âge, d’étranges évènement seraient liés à sa présence : Jio est en fait possédé par le plus puissant démon de la cabale inversée : Satan. Jio ne le sait pas et le découvrira au fur et à mesure de son voyage.