C'est une longue cinématique en images de synthèse qui accueille le joueur dans Zone of Enders et qui lui fait découvrir la station Antilla, en orbite autour de Jupiter. Alors qu'une bande d'adolescents se fait surprendre dans un entrepôt secret par des militaires, des colons venus de la planète Mars envahissent Antilla en détruisant tout sur leur passage. Leur recherche du Jehuty, un formidable robot qui a suscité leur convoitise, va les mener jusqu'à Leo Stanbuck et à ses amis, retenus en otage sur le parking de l'entrepôt. Dans le combat qui oppose les robots d'Antilla à ceux venus de Mars, ce sont tous les amis de Leo qui perdent la vie sous ses yeux. Un bon prétexte pour l'accabler de remords et lui donner envie de se venger. Très proche du Shinji de Evangelion, le jeune Leo, âgé d'à peine 14 ans, gagne son statut de héros presque malgré lui : c'est par accident qu'en se réfugiant dans l'entrepôt il se retrouve aux commandes du Jehuty et qu'il renverse le cours de la guerre.
Sur PS2.