Le jeu se déroule à la manière d'un jeu de rôle japonais classique : plusieurs villages et donjons sont présents sur la carte, au début du jeu presque toutes les routes reliant les éléments la composant sont bloquées, mais, au fur et à mesure qu'il avance dans le jeu, le joueur débloque les itinéraires possibles. Les Pokémon sauvages se rencontrent sur les routes, ainsi que les dresseurs isolés. Il y a par ailleurs des salles spécialisées (des arènes), dans lesquels les dresseurs ont tous des Pokémon d'un même type, avec un champion qui permet d'obtenir des badges et d'avancer dans le jeu lorsque tous les adversaires sont vaincus. Il y a eu plusieurs continents à travers les jeux Pokémon. Kanto pour la première génération, Johto pour la deuxième, Hoenn pour la troisième, et enfin Sinnoh pour la quatrième. D'autres continents ont aussi eu leur heure de gloire.