L’histoire se passe en 2023 alors que deux races extraterrestres s'affrontent dans une guerre interstellaire : les Maians, dont l'aspect s'inspire largement de la vision folklorique des « petits gris », et les Skedars, qui ont un peu l'aspect de reptiles et dont la technologie leur permet de se fondre parfaitement parmi les humains.

Sur Terre, deux organisations rivales se livre une guerre secrète. D'un côté se trouve l'Institut Carrington, fondé par Daniel Carrington, qui, derrière une façade de centre de recherche et développement, poursuit des opérations d'espionnage en collaboration avec les Maians. De l'autre la dataDyne est une puissante compagnie d'armement qui entretient des liens clandestins avec les Skedars. Le joueur incarne Joanna Dark, une nouvelle recrue de l'Institut Carrington, qui, parce qu'elle a enregistrée la meilleure note de l'Insitut à l'entraînement, a reçu le nom de code « Perfect Dark ».

Le jeu commence par un appel au secours d'un certain Docteur Caroll qui émet depuis les laboratoires souterrains situés sous la tour Lucerne, le siège social de la dataDyne. Joanna Dark est alors envoyé investir le centre pour extraire le scientifique. Cela l'amène à découvrir une conspiration mené de concert par la dataDyne et les Skedars : les Skedar veulent voler une arme surpuissante d'une civilisation extraterrestre éteinte située dans un vaisseau spatial échoué au fond de l'Océan Pacifique afin de l'utiliser pour éliminer les Maians ; la dataDyne accepte de les aider en échange d'assez de technologie pour faire d'eux la plus puissante corporation du monde. Comme le président des États-Unis refuse de prêter à la dataDyne un vaisseau de recherche océanique pour aller chercher l'arme, la dataDyne décide de le tuer et de le remplacer par un clône, avec l'aide de Trent Easton, le dirigeant de la NSA. Ce que la dataDyne ne sait pas, c'est que les Skedars prévoient de tester l'arme en détruisant la Terre.
Sortie en 2000 sur GB color.