Etre un chasseur de prime de l'espace, c'est très classe, certes, mais cela vous impose aussi un emploi du temps assez surchargé. Samus Aran en sait quelque chose puisque la belle blonde a à peine eu le temps de se remettre de ses combats contre les pirates de l'espace dans Metroid Prime qu'elle doit se rendre sur une mystérieuse planète pour enquêter sur la disparition d'un groupe de soldats de la fédération intergalactique. Manque de chance, ses éternels adversaires qui ne sont pas du genre à se laisser exterminer à travers un seul jeu l'ont traquée et contrainte à un atterrissage en catastrophe sur la planète en question. Son vaisseau lourdement endommagé, Samus va vite trouver une armée de cadavres pour seule réponse à ses interrogations...
Sortie le 26 Novembre 2004 sur GameCube.