Un journaliste est contacté par l'ancien directeur du FBI à propos d'une affaire exceptionnelle. Le tueur à gages légendaire 47 aurait été capturé et tué après des années de traque. Sur place, l'ancien agent raconte au journaliste comment 47 s'est fait attraper. C'est l'occasion pour le joueur de revivre les différents contrats qui ont mené 47 à sa chute.