Hitman 2: Silent Assassin reprend quelques années après la fin de Hitman: Codename 47. Après la mort de son créateur, le clône 47 a décidé de se retirer du milieu des tueurs à gages pour se consacrer à la religion. Réfugié dans une petite chapelle sicilienne, 47 s'occupe du jardin de l'Église où il tente de se faire pardonner tous ses crimes, épaulé par le Père Vittorio, curé du sanctuaire et premier et seul ami de 47.

Mais c'est sans compter sur Sergueï Zavoratko, terroriste de la pire espèce, qui veut s'octroyer à tout prix les services de 47, le tueur légendaire. Il demande donc à la mafia sicilienne de kidnapper le Père Vittorio en échange d'une forte somme d'argent afin de forcer 47 a reprendre ses activités de tueur pour rassembler les fonds.