L'histoire de Doom 3 est simple : un jeune marine est transféré sur la base de l'UAC (Union Aerospace Corporation). Dès son arrivée, le sergent Thomas Kelly lui demande d'aller retrouver un scientifique disparu. Une fois le scientifique localisé, un évènement paranormal se produit, aboutissant à la transformation du personnel de la base en zombies ainsi qu'à l'apparition de créatures. Par la suite, le joueur devra se frayer un chemin dans la base en anéantissant tous les monstres se présentant devant lui, afin de pouvoir sortir vivant de la base.
Sortie le 13 Août 2004 sur PC.