Un nouveau camp apparaît : ce sont les Scrins, des aliens de Neptune, qui sont à l'origine de l'arrivée du Tibérium sur Terre. Le NOD et le GDI sont toujours là avec leurs unités habituelles et quelques unités technologiquement plus évoluées. Le jeu contient trois campagnes solo : une fois celles du NOD et du GDI terminées, le joueur a accès à la campagne des Scrins.
Sortie le 26 Août 1999 sur PC.