Crono est un jeune garçon dont les passe-temps consistent à dormir ou à s'entraîner avec son katana en bois. Il vit dans le village de Truce dans le paisible royaume de Guardia.

Un beau matin de l'an 1000 a lieu la Fête du millénaire, une fête unique en son genre puisqu'elle célèbre les mille ans du royaume. Elle se déroule au Square Leene, place nommée en hommage à une ancienne reine de Guardia. Lucca, une amie d'enfance de Crono passionnée par les machines, y présente sa dernière invention. Crono s'y rend ainsi que tous les habitants de Guardia. Il bouscule par mégarde une jeune fille, Marle, qui fait tomber un pendentif. Crono le lui rapporte et les deux jeunes gens font connaissance. Puis ils se rendent ensemble au stand de Lucca voir son invention, le Télépod, qui permet de se téléporter de quelques mètres. Crono l'essaie et se retrouve téléporté instantanément d'un point à l'autre de la machine. Mais lorsque vient le tour de Marle, le pendentif qu'elle porte se met à réagir étrangement avec l'engin et la jeune fille disparaît dans un vortex. Crono ramasse le pendentif encore présent et décide de partir la secourir. Il se retrouve 400 ans en arrière au Moyen-Âge. Marle, confondue avec la reine Leene par les gens, accueille Crono au château de Guardia avant d'être apparemment effacée du continuum espace-temps…

L'histoire navigue ensuite entre sept époques et autant de cartes différentes. Les conséquences des changements temporels y sont exploitées, nourrissant une trame narrative d'une grande richesse. Crono et ses camarades y découvrent un ennemi qu'ils tentent de vaincre. Celui-ci semble être lié à l'ensemble de l'histoire de la planète, depuis la préhistoire jusqu'à un futur lointain…
Sortie en 1995 aux USA sur Super Nintendo.