L'histoire de Blue Dragon débute dans un petit village du nom de Talta, où vivent Shu et deux de ses amis, Kluke et Jiro. Chaque année, un requin des sables attaque le village de nos héros, les habitants n'ont alors d'autre choix que de se réfugier dans les hauteurs et de regarder, impuissants. Mais cette année, les trois enfants sont décidés à en finir avec cette créature, qui par le passé, provoqua la mort des parents de Kluke et Shu. Malheureusement, le plan qu'ils avaient préparé tourne mal et ils se retrouvent embarqués dans une forteresse volante qui se révélera être celle de Néné, un personnage diabolique qui, aux côtés d'une ancienne civilisation gardienne d'un pouvoir magique que l'on croyait disparu, menace le sort du monde et de ses habitants.