En 1999, un gigantesque vaisseau spatial s'écrase sur une île du Pacifique. Les nations, conscientes du danger que peut représenter une race ayant atteint cette technologie, s'unissent après une guerre dite d'unification pour restaurer le vaisseau, créant le SDF-1 Macross (Super Dimension Fortress-1). En 2009, alors que l'on s'apprète à l'inaugurer, des vaisseaux aliens s'approchent de l'orbite terrestre. Souhaitant en premier lieu éloigner cette menace, le commandant Gloval ordonne un vol hyperspatial pour se rapprocher de la Lune ; mais en raison d'un dysfonctionnement, le SDF-1 entraîne une partie de l'île. L'ensemble se rematérialise sur l'orbite de Pluton. Après le rapatriement de 56 000 civils à bord, le SDF-1 tente de regagner la Terre...