Chihiro et ses parents se rendent à leur nouvelle maison. En route ils s'égarent, et arrivent devant un passage mystérieux. Le traversant, ils se retrouvent sur des collines près de la côte, et découvrent un village abandonné.

Poussés par leur faim, les parents de Chihiro s'installent à un magasin désert mais rempli de victuailles, pendant que celle-ci explore la ville. La nuit tombe, et petit à petit des esprits envahissent les lieux. Effrayée, Chihiro retourne voir ses parents... qui se sont transformés en cochons !

Aidée par le mystérieux Haku, elle va devoir travailler dans le bâtiment des bains pour ne pas être transformée à son tour en cochon. Ce bâtiment étrange est habité par une multitude d'êtres fantastiques qui vont tour à tour aider ou empêcher Chihiro à redonner un aspect humain à ses parents...