En 1969, alors que le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres, infiltrés parmi la population depuis la fin de la guerre. AEGIS (Alien Exterminating Global Intercept System), une organisation secrète aux ramifications mondiales, est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels pour y puiser une énergie considérable.

Le lycée Tategami, à Tokyo, sert de couverture au quartier général japonais d'AEGIS. Son proviseur est en réalité le commandant de la division japonaise d'AEGIS. Les jeunes Gate Keepers qui sont recrutés, sont transférés dans ce lycée. Cela permet d'assurer la discrétion en les faisant passer pour des élèves normaux, tout en leur permettant d'être opérationnels rapidement en cas d'attaque des envahisseurs.