En 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme (raz-de-marées, fonte des calottes polaires) qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde.
Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact...