Le 10 août 2010 du calendrier impérial, l'empire sacré de Britannia écrase les forces japonaises et conquiert le pays en moins d'un mois grâce à leur nouveaux mechas nommés Knightmare. Dans la défaite, le Japon perdit son indépendance et fut renommé Area 11. Les japonais quant à eux perdirent tous leurs droits et leur identité nationale, renommés Eleven. Ils furent déplacés dans des ghettos, cédant la majeure part du territoire aux colons britanniens. Pourtant des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance.

Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur de Britannia lui-même, ne fit rien pour pourchasser les responsables de l'attentat qui coûta la vie de sa mère et qui mutila sa jeune sœur.

Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre un groupe de rebelles Elevens et l'armée britannienne, il découvre un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, le « pouvoir de l'obéissance absolue » qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Ce pouvoir est cependant limité par le fait qu'il n'est possible de donner qu'un unique ordre à une personne. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener son combat tant voulu contre Britannia afin de réaliser ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.