Pendant l'époque d'Edo, le shogun Tokugawa Ieyasu décide que son successeur sera désigné par l'issue de la confrontation de deux clans ninja légendaires : les Kôga et les Iga dont les rivalités sont jusqu'alors calmées bon gré mal gré par un traité de paix. Chacun des deux clans devra désigner dix maîtres ninja qui s'affronteront à mort ; le survivant donnera le pouvoir à celui des deux héritiers du shogun qu'il représente. Toutefois, les descendants des familles Kôga et Iga, à savoir Kôga Gennosuke et Iga Oboro, se sont épris l'un de l'autre…