Dans l'univers des X-Men, les mutations génétiques sont devenues monnaie courante, octroyant des super-pouvoirs à une part croissante de la population. Ces qualités surhumaines se dévoilent en général à l’adolescence, moment critique pendant lequel un mutant peut aussi bien sombrer dans le doute et l’égarement, et donc peut autant aboutir à mésuser de ses dons que devenir un individu épanoui.

Afin de les aider à franchir ce moment difficile, le Professeur Charles Xavier a créé une école spécialisée où il les forme à utiliser leurs pouvoirs et à s’accepter eux-mêmes. Il leur apprend également à vivre en harmonie avec les humains « normaux ».

Mais d’autres mutants, qui n’ont pas eu la chance de rencontrer le Professeur Xavier, se sont égarés sur la voie du mal. Regroupés autour du mauvais mutant Magneto, ils n’ont pour but que d’affirmer leur prééminence en réduisant l’humanité en esclavage...